Sistem PCT membolehkan pemohon memfailkan satu permohonan paten antarabangsa di Malaysia dan kemudian memilih sebanyak mana negara anggota kepada PCT yang mana pemohon ingin mendapatkan perlindungan . Sistem PCT adalah sistem pemfailan paten, ia bukan sistem pemberian paten. Tiada pemberian paten PCT  atau  paten antarabangsa diberikan.

Di Malaysia, Perbadanan Harta Intelek Malaysia (MyIPO) bertindak sebagai Pejabat Penerima (Receiving Office). Untuk menerima pemfailan Permohonan Paten mengikut Sistem PCT permohonan PCT hendaklah mengandungi seperti berikut  :

  Permohonan yang dikemukakan di MyIPO hendaklah di dalam Bahasa Inggeris; samada menggunakan borang PCT/RO/101 (3  salinan), atau secara permohonan elektronik (menggunakan perisian PCT-SAFE (WIPO)).

  Perihalan rekacipta bersama tuntutan, ringkasan   dan  lukisan  (jika  ada)

  Fi-fi  yang ditetapkan oleh Triti dan MyIPO

Sila lawati laman web WIPO  bagi maklumat lanjut mengenai  perisian  PCT-SAFE (WIPO).

Borang  permohonan boleh diposkan terus kepada MyIPO atau melalui serahan tangan di Ibu Pejabat Kuala Lumpur, atau di mana-mana pejabat cawangan di Sabah atau Sarawak. 

Fi

Terdapat tiga fi utama yang mesti dibayar apabila mengemukakan permohonan. Ia adalah fi penghantaran, fi pemfailan antarabangsa dan fi carian. Fi penghantaran adalah bagi kerja-kerja yang dilakukan oleh MyIPO, fi pemfailan antarabangsa bagi kerja-kerja yang dilakukan oleh WIPO dan fi carian bagi kerja-kerja yang dilakukan oleh Pihak Berkuasa Pencarian Antarabangsa (ISA).
     
MyIPO menerima  fi penghantaran  manakala  dua fi lain akan dihantar,  masing-masing  ke  WIPO  dan  ISA. Semua fi hendaklah dibayar  dalam Ringgit Malaysia  (RM).

Pengurangan fi PCT diberikan kepada pemohon individu (natural person), sebanyak 75% bagi fi pemfailan antarabangsa termasuk fi carian antarabangsa oleh sesetengah ISA seperti yang diberikan oleh EPO. Pengurangan fi juga diberikan kepada pemohon yang memfailkan secara elektronik menggunakan PCT-SAFE  (sila lihat fi PCT).
Laporan Carian Antarabangsa
 
ISA akan menjalankan carian untuk memastikan  samada rekacipta tersebut baru dan menepati ujian langkah merekacipta. Keputusan ke atas carian antarabangsa dapat membantu pemohon menilai peluang mendapatkan paten  di negara-negara di mana pemohon ingin mendapatkan perlindungan patennya kelak.

ISA yang diakreditasi oleh MyIPO bagi carian antarabangsa adalah seperti berikut :

  Pejabat Harta Intelek Korea (KIPO)
  Pejabat Harta Intelek Australia (IP Australia) 
  Pejabat Paten Eropah (EPO)

Penerbitan 

Semua permohonan akan diterbitkan 18 bulan selepas tarikh pemfailan atau tarikh prioriti, jika pemohon membuat tuntutan prioriti. WIPO mengeluarkan jurnal yang dikenali sebagai PCT Gazette, yang diterbit pada setiap minggu. Ia mengandungi halaman ringkasan bagi semua permohonan. PCT Gazette juga boleh diakses di laman web  WIPO.

Pemeriksaan Permulaan Antarabangsa
 
Pihak Berkuasa Pemeriksaan Permulaan (IPEA) akan melaksanakan pemeriksaan permulaan sekiranya pemohon memilih untuk meminta pemeriksaan permulaan antarabangsa. IPEA akan mengeluarkan laporan pemeriksaan permulaan yang akan memberi pendapat kepada pemohon samada rekaciptanya sesuai untuk pemberian paten.

IPEA yang ditentukan oleh MyIPO bagi pemeriksaan permulaan antarabangsa adalah seperti berikut:
 
 Pejabat Harta Intelek Korea (KIPO)
 Pejabat Harta Intelek Australia (IP Australia)
 Pejabat Paten Eropah (EPO)
 

Fasa Nasional
 
Pemohon hendaklah memasuki fasa nasional bagi meneruskan permohonan antarabangsanya secara berasingan  pada mana-mana negara-negara anggota PCT.  Pemohon diberi tempoh 30 bulan dari tarikh prioriti untuk memasuki fasa nasional di Malaysia. 

Pemohon hendaklah mengemukakan kepada MyIPO perkara berikut:

  Satu salinan permohonan antarabangsa dalam Bahasa Inggeris

  Fi untuk fasa nasional menggunakan Borang 2A

Permohonan yang memasuki fasa nasional hendaklah memenuhi syarat-syarat mengikut Akta Paten. Keputusan bagi pemberian paten adalah di bawah bidang kuasa MyIPO.