Terdapat tiga peringkat dalam proses pemeriksaan:
(i)   (S28) Penentuan Tarikh Memfail adalah secara automatik dikendalikan Pejabat Pendaftar Paten apabila permohonan diterima.
(ii)  (S29) Pemeriksaan permulaan akan dijalankan secara automatik oleh Pejabat Pendaftar Paten jika permohonan telah difailkan.
(iii) (S29A, S30) Pemeriksaan yang menyeluruh hanya akan dijalankan setelah pemeriksaan permulaan telah dilakukan dan setelah mendapat permintaan dari pemohon, disertakan dengan bayaran yang dinyatakan didalam masa 18 bulan ianya difailkan.

Penentuan tarikh pemfailan.
2. Ianya bergantung kepada pemohon untuk mendapat tarikh pemfailan seawall yang mungkin. Ini kerana mana-mana pendedahan atau ,mana-mana paten Malaysia yang didaftarkan setelah pemohon memohon, tarikh pemfailan atau tarikh utama tidak boleh dijadikan alasan untuk menafikan permohonan baru tersebut.

3. (S28, R25) Permohonan akan diberikan tarikh penerimaan permohonan sebagai "tarikh memfail" asalkan permohonan mengandungi:
(i) nama dan alamat pemohon
(ii) nama dan alamat pencipta
(iii) penerangan barangan tersebut
(iv) tuntutan
(v) pada masa pemohon memohon, pembayaran yang dinayatakan telah dijelaskan (perhatian: bayaran lain diperlukan untuk setiap tuntutan).

4. Pemohon akan dinasihatkan untuk tarikh pemfailan yang berbeza dan di beri tempoh 3 bulan untuk melakukan pembetulan. Sekiranya ada berlaku pembezaan, pemohon akan diberikan satu tarikh pemfailan penerimaan pembetulan.

5. Di atas penerimaan tarikh pemfailan, pejabat pendaftar akan menyerahkan sijil perakuan pemfailan.

Pemeriksaan Permulaan
6. (S29) Seperti yang dinyatakan diatas, pemeriksaan permulaan akan dijalankan oleh Pejabat Pendaftar Paten sekiranya diberikan satu tarikh pemfailan.

7. (R26) Pemohon akan diperiksa untuk memastikan ianya mengikut peraturan yang telah ditetapkan. Ianya telah dinyatakan di dalam Peraturan 5, 6, 7(1), 8, 9, 11, 18 dan 51 . Peraturan ini berkaitan dengan perkara-perkara bukan teknikal seperti penyediaan borang yang betul, penggunaan saiz kertas yang betul, penggunaan margin dan penggunaan dokumen yang sesuai untuk percetakan semula atau mikrofilem. Pemohon akan dinasihatkan sekiranya terdapat perbezaan dan diberi masa selama 3 bulan untuk membuat perubahan.

Pemeriksaan Menyeluruh dan Ubahsuai Menyeluruh
8. (S29A, R27, R27A, R27B) Selepas pemeriksaan permulaan pemohon boleh meminta pemeriksaan menyeluruh atau berlaku pertindihan permohonan paten untuk penciptaan yang sama telah di daftarkan di negara lain, beliau boleh meminta pemeriksaan menyeluruh.

9. (R27, R27A and R27B) Permintaan samada untuk pemeriksaan menyeluruh atau ubahsuai menyeluruh hendaklah dilakukan oleh pemohon pada borang 5 atau 5A bersama dengan bayaran yang dinyatakan di dalam masa 18 bulan dari tarikh pemfailan memohon.

10. [S29A (4)] Pemeriksaan menyeluruh hendaklah disertakan dengan maklumat tentang keputusan carian atau pemeriksaan yang dilakukan berkenaan dengan permohonan paten asing yang dinyatakan. Secara amnya, pemohon digalakkan untuk melaporkan keputusan carian dan pemeriksaan asing pada bila-bila masa dan hendaklah melaporkan sebarang pindaan yang dilakukan mengikut undang-undang Malaysia dan undang-undang luar negara.

11. [R27A(3)] Sebarang perubahan pada permohonan pemeriksaan menyeluruh hendaklah disertakan dengan butiran paten asing yang telah disahkan sijilnya yang mempunyai butiran ciptaan yang sama dengan permohonan ciptaan Malaysia. Ia juga mestilah disertakan dengan perubahan yang akan dilakukan kepada ciptaan Malaysia untuk mendapat persamaan yang sewajarnya dengan ciptaan asing.

12. Sila ambil perhatian, mengikut Section 29A(8) Akta Paten tempoh 18 bulan di dalam perfailan pemeriksaan menyeluruh tidak boleh dilanjutkan di bawah Section 82. Bagaimanapun, melalui permohonan yang diminta oleh pemohon sebelum tamat tempoh 18 bulan, tempoh untuk memohon pemeriksaan atau menyediakan laporan carian/ pemeriksaan boleh dilanjutkan mengikut section 29A(6) Akta Paten berdasarkan;

(a) butiran paten asing tidak didaftarkan atau tidak wujud di dalam tempoh 18 bulan tersebut
(b) butiran carian dan pemeriksaan asing tidak ada di dalam tempoh18 bulan tersebut

[R27B(2)] Tempoh masa perlanjutan adalah:
(i)  5 tahun dari tarikh pemfailan bagi permintaan pemeriksaan menyeluruh; atau perubahan pemeriksaan substantif
(ii) 5 tahun dari tarikh keputusan pemfailan carian/ pemeriksaan.

Mengikut Akta Paten subsection 29A(7), tempoh perlanjutan tidak dibenarkan melebihi dari 5 tahun mengikut di atas.

13. (S30, R27C) Di bawah pemeriksaan menyeluruh, paten/sijil permohonan akan diperiksa untuk laporan samada pemohon mengikut peraturan atau tidak Akta Paten dan peraturan yang telah ditetapkan. Carian awalan akan dilakukan dan permohonan akan dikaji setidak-tidaknya mengikut peraturan yang terbaru, langkah berdaya cipta, kesempurnaan huraian dan penjelasan tuntutan-tuntutan itu.

14. Pencarian oleh Pemeriksa Malaysia akan dilakukan melalui terbitan mana-mana rujukan teknikal yang dimiliko oleh pemeriksa contohnya Malaysia, Amerika Syarikat, Jepun, United Kingdom, PTC (Patent Cooperation Treaty) dan dokumen paten Eropah yang dimiliki di pusat sumber pejabat pendaftar. Kegunaan carian ini adalah untuk mengenal pasti dokumen yang diterbitkan sebelum tarikh pemfailan pemeriksaan pemohon akan berguna kepada pemeriksa untuk menentukan barunya dan/atau langkah berdaya cipta sesuatu ciptaan itu didefinasikan oleh tuntutan permohonan paten.

15. (S30, R27D) Perubahan pemeriksaan menyeluruh kepada satu peringkat menjelaskan amalan tidak rasmi di bawah kata nama pemeriksaan menyeluruh untuk pemeriksa mengunakan carian dan pemeriksaan yang telah dilakukan oleh Pejabat Paten asing. Di bawah perubahan pemeriksaan menyeluruh, pemeriksa Malaysia secara dasarnya memberi laporan tentak kesamaan antara paten Malaysia dan paten asing dan tidak memerlukan untuk melakukan pencarian ( kecuali di dalam kes-kes tertentu) atau memeriksa permohonan untuk mematuhi seperti langkah berdaya cipta, kemajmukan ciptaan, penerangan yang mencukupi atau huraian penjelasan tuntutan

16. [R27C (4) dan (6); R27D(5) dan (7)]. Sekiranya pemeriksa mendapati pemohon tidak mempunyai kebenaran selepas pemeriksaan menyeluruh atau perubahan pemeriksaan menyeluruh, maka pemohon akan di beri laporan yang menerangkan syarat-syarat yang tidak dipatuhi. Pemohon akan diberi masa sekurang-kurangnya dua(2) bulan untuk membalas balik kepada laporan tersebut, samada melalui hujah atau meminda permohonan. Pemohon dikehendaki mematuhi segala peraturan yang telah ditetapkan oleh Akta dan peraturan.

PEMBERIAN

1. (S31 hingga S35) Apabila permohonan mematuhi Akta dan peraturan, pendaftar akan memberi hak paten, atau akan mengeluarkan perakuan untuk pembaharuan utiliti dalam kes satu pembaharuan utility.

2. Setelah pemberian hak, sesiapa saja boleh memeriksa dan meminta salinan terperinci tentang pendaftaran paten oleh pejabat pendaftar paten dan dibenarkan untuk memeriksa fail paten/sijil pendaftaran.

3. Paten atau sijil memberi hak kepada pemilik untuk mengenepikan pihak lain dari menggunakan ciptaan atau inovasi di Malaysia bagi tempoh 20 tahun dari tarikh pemfailan bagi perkara paten atau 10 tahun (dilanjutkan ke 10 + 5 + 5 tahun) bagi kegunaan sijil. Untuk memastikan paten/sijil berkuatkuasa, pemilik dikehendaki membayar yuran tahunan.