Sebelum tahun 1983, hak-hak harta intelek di Malaysia telah ditadbir oleh Pejabat Cap Dagangan dan Jaminhak. Pejabat ini kemudiannya telah ditukar namanya kepada Pejabat Cap Dagangan dan Paten dalam tahun 1983 dan telah diletakkan di bawah bidangkuasa Kementerian Perdagangan dan Perindustrian.

Pada 27 Oktober 1990, Kementerian telah membuat penyusunan semula dan seterusnya Pejabat ini telah diletakkan di bawah bidangkuasa Kementerian Perdagangan Dalam Negeri dan Hal Ehwal Pengguna dan telah ditukar nama kepada Bahagian Harta Intelek (BHI). Bahagian ini bertanggungjawab mentadbir Akta Paten 1983, Akta Cap Dagangan 1976, dan Akta Hakcipta 1987.

Akta Reka Bentuk Perindustrian 1996 telah mula dikuatkuasakan pada 1999, disusuli pada tahun 2000 dengan Akta Susun Atur Litar Bersepadu 2000. Seterusnya pada tahun 2001, Akta Petunjuk Geografi 2000 dikuatkuasakan.

Dalam menghadapi perubahan pembangunan harta intelek di peringkat domestik dan global, BHI telah dijadikan sebuah badan berkanun pada 3 Mac 2003 dan dikenali sebagai Perbadanan Harta Intelek Malaysia (PHIM) melalui berkuatkuasanya Akta Perbadanan Harta Intelek Malaysia 2002.

Perbadanan telah mengambil langkah penjenamaan semula apabila singkatan PHIM ditukar kepada MyIPO pada 3 Mac 2005 sempena Pelancaran Hari Harta Intelek Negara yang pertama.